в девайсах разряд ниже 3.4-3.5в не идет по несколько другим причинам...
1. аккумы как правило используются не обычные 3.6в, а 3.8в, у которых верхний порог заряда 4.35в, соотв. порог разряда тоже выше.
2. устройство оставляет себе небольшой резерв, может быть для сохранения каких-то настроек в энергозависимой памяти с микропотреблением.
для 3.6в аккумов рекомендуемый нижний порог как раз 3в. при снятии нагрузки напряжение все равно немного поднимется, до тех же 3.2.
а вот заряжать их как раз рекомендуют чуть ниже чем 4.2, тогда кол-во циклов и срок жизни резко увеличивается.
по теме: сепик уронит кпд ниже плинтуса, да еще и своих помех насует. автор не озвучил ток потребления, но я думаю он не должен быть большим, и туда пойдет любой нормальный LDO стаб, который при собственном мизерном потреблении будет иметь кпд не хуже импульсника.
вот например TPS76933:
http://www.ti.com/lit/ds/symlink/tps769.pdf собственное потребление - десятки мкА, падение напряжения при токе 50мА - около 50мВ. он высадит аккум до 5-10% от полной емкости.