Тут уж...
Поставляемый в продажу кристалл "пустой" и с "открытыми по умолчанию" фузами.
Прошивается любым доступным программатором (в любой вероятной конфигурации размещения прикладного кода).
Если запрограммированы биты защиты в слове конфигурации то стирание иногда (если запрещено последовательное программирование) требуется проводить в специальном (параллельном) режиме.
Если МК содержит уже установленный бутлоадер то "сторонняя" прошивка должна учитывать его размещение (не перекрывать область, занятую кодом бутлоадера и учитывать специфику "добавления" кода при верификации).
Обычно бутлоадер для того и устанавливается, чтобы изменить (упростить) процесс стандартного программирования от изготовителя МК.
Касательно программатора (железо и поддерживающая софтовая оболочка) ничего подсказать не могу - для АВРок сам использую ponyprog + STK200 (LPT) или siprog (COM/USB-COM) с самодельными адаптерами-панельками.
Вот разве что книжу для начинающих программаторокопателей...
А портить готовый программатор самостоятельной перепрошивкой НАЧИНАЮЩЕМУ я б не советовал...
Это фокусы для уверенных пользователей.