Стандартные avrdudeshell или пони-прог.
Прошивалка на основе STK200 или siprog.
Панелька для МК оснащается кварцем в 4МГц.
Остальное - согласно раскладки для ISP программирования.
Это если не заблокировать использованием вывода RESET не по назначению и/или
запретить последовательное программирование.
ТЬогда только фузе доктор для разблокировки потребуется.
Закрытые от чтения надо предварительно стереть командой "общее стирание".
Ну и "на почитать"
Честно говоря пока с "двойной" (имеющей mega16U2) адуриной делне имел - они в два раза дороже,
а результат - тот же.
В то же время обычная нанка вполне нормально считывается моим Si-Prog в аврдудешелл
через штатный разъём ISP.