Если что я программатор от МК не отсоединяю, просто из USB порта вытаскиваю его, может это на что то влияет?
Аа.. Ну, да..
Отключили программатор от УСБ, в результате- микроконтроллер программатора перестал получать питание, и его выводы (MOSI MISO SCK и, самое главное- RESET) оказались прижатыми к "земле".. И ЧО??? Для микроконтроллера- "RESET", прижатый к "земле"- микроконтроллер постоянно в режиме "сброс".. Отключать надо от микроконтроллера, а не от УСБ..