мда, я не особо понял чего надо...
есть STK500, к ней надо ЖКИ подключить с HD44780?
ЖКИ подключать к порту мк. у HD44780 есть 2 режима работы: 8-и битные данные и 4-х битные данные.
кроме того, управляющие сигналы.
в google набираем ATMEGA128 + hd44780 и вываливается куча ссылок, например:
http://homepage.hispeed.ch/peterfleury/ ... 44780.html
по этой ссылке не atmega, а AT90S8515, но принципиальной разницы никакой.