У нанки имеется разъём для ISP программатора - через него и читаем и шьём любым имеющимся софтом (удобно аврдудешелл).
Для про-мини придется подключаться на соответствующие выводы ISP самостоятельно (D11 - mosi, D12 - miso, D13 - sck и reset).
Если платка на разъёме вставлена - вытянули и считали, если впаяна - смотрим, чего там на вышеуказанные выводы навешано - не будет ли конфликтов с программатором/помех.
Ну и фузы защиты от чтения/записи никто не отменял. Их сама адуринка не ставит, но автор конструкции вполне может установить через тот же ISP"за пределами" ардуиноIDE после прошивки.