с частотой дискретизации 125 КГц. ....хочу видеть полосу приблизительно до 1000 Гц.
Вы видимо плохо понимаете математику Фурье преобразования.
Не важно как вы делаете дискретный Фурье - БПФ или ДПФ. Общий расчет идентичен.
1. Частота дискретизации НИКАК не влияет на полосу бинов (фильтров). Частота дискретизации лишь определяет зоны Найквиста. И если вы работаете в первой зоне, то входной аппаратный антиалиасинговый фильтр (ФНЧ) должен иметь частоту среза чуть выше верхней частоты спектра обрабатываемого сигнала и заданное подавление на частоте равной половине частоты дискретизации.
И это все. Остальное определяется по другому.
2. Полоса пропускания отдельного бина (фильтра) Фурье определяется ВРЕМЕНЕМ НАКОПЛЕНИЯ МАССИВА и оконной функцией. Для прямоугольной оконной функции первый ноль АЧХ (полоса главного лепестка АЧХ) будет равна величине обратной времени накопления. То есть, если вы желаете иметь полосу 1 кГц, вам нужно будет копить сигнал 1 мс. Если 100 Гц, то 10 мс. Если 10 Гц - 100 мс.
Сиречь количество элементов массива определится отношением частоты дискретизации к полосе бина.
Если оконная функция иная, тогда нужно учитывать растекание спектра при подавлении боковых лепестков АЧХ. То есть, полоса будет тем шире, чем меньше уровень боковых лепестков.
Исходя из выше сказанного, вам следует озвучить потребную ширину спектра сигнала подлежащего преобразованию Фурье и потребную полосу одного фильтра. Ну или количество фильтров.