...Будет ли печь греть, если нет контакта между колпачком и этим носиком? Так то все остальные замеры были в норме.
Если будет, то очень плохо, и колпачок гореть начнет и искрить на корпус, где поближе, так как он становится не элементом антенны, а посторонним экраном, сильно искажающим пространственную конфигурацию излучения. Ведь колпачок создает нужную, согласованную с волноводом длину антенны и оптимальную форму для максимально эффективного излучения. Поэтому он должен иметь потенциал хвоста антенны, на котором он сидит.
По моей скромной практике, большинство ремонтов печек с симптомами "искрит, плохо греет" состояло в том, чтобы мелкой наждачкой, а потом тряпочкой со спиртом или ацетоном убрать окалину с хвоста антенны и заменить (если прогорел) колпачок и слюду, а также зачистить и покрасить термостойкой эмалью подгоревшие места волновода. Это помогает в большинстве случаев, если цел магнетрон.