как настроить векторы прерываний и т.д в начале моей прошивки?
Почитайте для начала
тут про реализацию загрузчика.
Потом возьмите любой проект и посмотрите в нем файл startup.s. Все ответы в нём.
А как это вам удалось написать проект, работающий с USB, и при этом вы не понимаете, что делать с таблицей векторов, и что должен сделать МК сразу после старта, до захода в функцию main()?