Подскажите, на какие грабли я собираюсь наступить
Да, собственно, особо ни на какие. Я тактировал CPLD от STM32, как раз через MCO. Все функционирует как ожидается.
Более того, будет еще и бонус: поскольку ПЛИС в этом случае работает синхронно с контроллером, можно не синтезировать синхронизаторы входных сигналов! Хотя я на всякий случай синтезировал.
Ну а так да, все как обычно - следить, на какие ножки оптимальнее всего подавать тактирование и т.п.