включаете питание тумблером, малина начинает исполнять скрипт, который держит на GPIO ноль, но время от времени (допустим, раз в секунду) подает 1 ненадолго. как только тумблер переведут в исходное положение - не позже, чем через 1 секунду питание отрубится
Так не пойдёт, выключится работающая малина. Нужно сначала исполнить скрипт shutdown, затем подождать, когда закончатся все процессы, только потом отключить питание. Брать сигнал с GPIO на закрытие транзистора (без задержки) то-же не получится. Когда малина после shutdown закончила работу с GPIO, всё-равно какое-то время внутри неё ещё идут процессы, которые нельзя прерывать до их завершения.