Много раз уже повторял - нет смысла использовать внешний программатор для прошивки бутлоадера и фузов в платки ардуино.
Разве что если общее стирание потребуется или фузедоктор.
Остальное обеспечивается или уже предустановленным бутлоадером или прошивкой "чистого" МК через ардуиноISP платку, сделанную из ардуино-нано и скотча в соответствующем примере инсталлятора IDE.
Причем прошиваться будет та комбинация бутлоадера и фузов, которая заданна в параметрах настройки платки.
IDE самостоятельно отыщет в своих архивах необходимые файлы с соответствующими настройками.
Единственно - что загрузка бутлоадера с фузами делается опцией "записать загрузчик", а опция "загрузить через программатор" запишет через ISP только сам скотч но не тронет ни бутлоадер ни фузы.
Опция "экспорт бинарного файла даст два *.hex файла для загрузки через "внешний программатор" - в одном только прожка, во втором прожка с бутлоадером.
Однако комплект фузов там отсутствует - для этого случая его и считывать и вводить придется в режиме садомазохизма.