a5021 писал(а):он может быть использован "as a general-purpose IO."
general-purpose IO это либо вход либо выход управляемый программой, alternate function к ним не относится.
a5021 писал(а):но такое ощущение, что при поднятии бита SPE (SPI enable), SPI без церемоний захватывает все свои ноги, кому бы они до этого не принадлежали.
Внутри мк стоит мультиплексор, который подключает цифровые блоки на определенные пины мк, есть варианты в AFIO выбрать куда именно подключать, но к пину должен быть подключен только один активный блок. Активировать режим AF на пинах, если на них настроено несколько активных блоков, нельзя.
a5021 писал(а):сначала SPI, а затем TIM3, не позволяет увидеть ШИМ на PA6 вообще. И как-то я не нашел в даташите, кто там у них для каких ног главный.
В зависимости от борзоты модуля могут происходить даже замыкания внутри мк, если например вывести на один и тот же пин USART TX и шим то в некоторых случаях выходит уарт промодулированый таймером. Так или иначе это конфликт периферии и он недопустим, придется либо весь spi перекидывать на другие пины, либо выходы таймера.