gessor, несколькими страницами раньше я давал ссылку на гитхаб
https://github.com/winnerru/nixie_6tubes , там примитивно набросанный код часов (надо будет отрефакторить и добавить функций), реализующий работу с ds1307, динамическую индикацию на 6 ламп и используется дешифратор 4-10, управление 2 кнопками. Сердце - мега8. Допилить туда светодиоды и будильик - не сложно.
PC0-PC3 - дешифратор, PB0-PB5 - аноды. Кнопки на PB6, PB7 от GND. Подтяжки внешние, но можно установкой соответствующих единичек задействовать и внутренние. DS1307 висит на аппаратнмо I2C - PC5, PC5.
Из минусов - бесполезно занятые пины IO, где можно сделать ШИМ, поэтому можно аноды и кнопки перенести на PORTD и весь PORTB станет свободным.
Моргать точками можно сделать с любого пина, используя флаг, изменяемый в бесконечном цикле в функции main, там delay на 250мс сделан, а индикация и обработка кнопок по прерываниям.